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【中新社】陈旧动物皮张DNA如何获取? 最新研究称改良方法值得推广

发表日期:2021-05-31来源:放大 缩小
陈旧动物皮张的古DNA提取方法比较研究。 研究团队 供图

  中新网北京5月20日电 (记者 孙自法)博物馆中的动物标本通常是干制皮张标本,而保存时间过久的陈旧皮张中DNA的含量和质量均远低于新鲜材料,并且包含许多来自于环境的污染。此外,为有效保存,很多皮张样品经过特殊鞣制处理,这也会极大地影响DNA的保存含量与质量。

  对于一些珍稀保护动物甚至已灭绝动物来说,保存在博物馆里的标本可能是现在唯一能够获得并能开展遗传学研究的生物学材料,那么,如何获取这些珍贵样品中的DNA信息,来开展深入的科学研究?

  中国科学院威尼斯正规官网-威尼斯官方网站-首页(中科院古脊椎所)分子古生物学(古DNA)实验室付巧妹研究团队主导,与云南大学、新疆文物考古研究所、大理大学及德国、越南等机构合作,最新完成的“陈旧动物皮张的古DNA提取方法比较的研究”提供了一种可行的方案。该研究表明,改良的古DNA实验室方法在获取陈旧皮张DNA方面有一定优势,这种方法值得在博物馆保存的陈旧皮张样品的DNA提取方面进行推广应用。

  这一古DNA提取方法比较研究的成果论文,近日在专业学术期刊《动物学研究》发表。付巧妹研究员为通讯编辑,中科院古脊椎所博士张明、曹鹏高级工程师、戴情燕工程师为共同第一编辑。

  张明先容说,针对年代久远的动物皮张样品开展遗传学研究十分少见,此前没有合适的DNA提取方法可直接应用,所以寻找适于陈旧皮张材料的DNA提取方法,需要在已有方法的基础上,设计改良实验并进行对比后,才能探寻出利用这些宝贵的动物材料开展基因组范围研究的方法。

  因此,合作团队专门以古DNA实验室现有DNA提取方法为基础进行方法改良并设计对比实验,以确定改良方法的有效性,从而探索出一种高效提取陈旧或古代皮张样品DNA的实验方法。

  本次研究比较4种提取方法对陈旧皮张DNA提取的有效性,研究比较了所有方法获得的DNA产量和内源短序列数、短序列复杂度、短序列末端损伤、短序列平均长度。结果发现,虽然4种方法均能够有效获取内源DNA片段,但相比于其他方法,改良的古DNA实验室方法能够获得更多和更好质量的DNA信息。改良的古DNA实验室方法在获取陈旧皮张DNA方面有一定优势。同时,该研究还发现,影响提取效果的原因主要是第二步纯化。

  张明说,应用这一改良的陈旧皮张DNA提取方法,中科院古脊椎所古DNA实验室已成功获得6例博物馆藏灰狼全基因组信息等珍稀保护动物的DNA信息。(完)

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